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Ep26-3: [Hands-on] Proteina Complexa tutorial

September 20, 2026 · 58 min

Youtube https://www.youtube.com/watch?v=b9cXLQNn-To ゲスト: 南慎太朗さん X @shintaro_minami Proteina Complexa についての南さんの Colab Notebook https://colab.research.google.com/github/ShintaroMinami/notebook_proteina_complexa/blob/main…
Ep 26-2: [Interview] Shintaro Minami (Accipiter Biosciences) “Design at Scale"

August 22, 2026 · 49 min

ゲスト: 南慎太朗さん ⁠X @shintaro_minami (00:00) AIエージェント (05:30) プロジェクト管理とスキル (18:53) Obsidianでのナレッジマネジメント (24:45) オラクル（構造予測モデル）とタンパク質の配列・構造・機能 (40:05) 蛋白質科学会 [01:28] MCP (Model Context Protocol)[18:53] Obsidian[26:39] SolubleMPNN[40:05]…
Ep 26-1: [Interview] Shintaro Minami (Accipiter Biosciences) "Design at Scale"

August 8, 2026 · 1 hr 3 min

ゲスト: 南慎太朗さん X @shintaro_minami Chapter (00:00) 駒場でのセミナー (04:21) OpenDDE, WRAPS, Protenix (19:26) Cloud computing, RunPod (31:02) Start-up でのデザイン (35:10) BoltzGen, Codex (42:02) Design Start-up 働き方 (54:12) EOR, Remote work [0:01]…
Ep 25: [Tips] Pipettes and Pro Tips

July 13, 2026 · 2 hr 2 min

Chapter (0:00:00) 祝ポッドキャスト２周年！ (0:01:50) 浜田さん論文１（DNAハイドロゲル） (0:16:00) Wet Lab Tips 1（キャピラリー粘度測定・Echo分注機） (0:20:17) 浜田さん論文２（動的DNAネットワーク） (0:32:10) DiffusionモデルでDNAオリガミ論文 (0:40:37) Wet Lab Tips 2（ピペット、培養、クローニング） (1:00:03)…
Ep 24: [Journal] Membrane Protein Designs

April 24, 2026 · 2 hr 30 min

Ep 24: Membrane Protein Design Journal Club Ep 20-1　ラボミーティングでたこ焼き作る話https://open.spotify.com/episode/7jpHi8W1eNAoMtQz9GwY44 紹介した論文 [0:16:36–] 新津 Deep learning-based joint sequence–structure de novo membrane protein design Rudden et al…

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Ep 23: [Interview] Naohiro Terasaka (Science Tokyo) “Just Evolve it!”

April 3, 2026 · 2 hr 54 min

・寺坂尚紘先生 https://nterasaka.wixsite.com/terasaka-lab https://x.com/NaohiroTerasaka ・Science Tokyo ELSI ・MULTI-evolve ・Ref: EVOLVEpro ・PLACER https://github.com/baker-laboratory/PLACER https://www.pnas.org/doi/10.1073/p…
Ep 22: [Interview] Takashi Kanamori (GeneFrontier. Corp.) “The Making of PURE”

February 1, 2026 · 1 hr 45 min

ゲスト：金森崇さんジーンフロンティア株式会社基盤技術開発部部長ジーンフロンティア https://www.genefrontier.com/ PURE frex https://www.genefrontier.com/solutions/purefrex/ PURE system の論文 Cell-free translation reconstituted with purified components. Y. Shimizu et al., Nat…
Ep 21: Building momentum

December 31, 2025 · 37 min

生体分子設計研究会 2025/12/10 BindCraft 論文GitHubGoogle ColabBoltzGen プレプリントGitHub 南慎太郎さん https://x.com/shintaro_minami森脇さん https://x.com/Ag_smith GeneScript人工遺伝子合成 IDT eBlock, gBlock Foldseek (構造ベースのクラスタリングに便利): Mmseq2 (配列ベースのクラスタリングに便利): 松林研…
Ep 20-1: [Journal] BoltzGen, ProteinHunter, CATNIP, De novo metathase, RF2-PPI

December 23, 2025 · 1 hr 18 min

岡本紹介論文一本目 Connecting chemical and protein sequence space to predict biocatalytic reactions https://doi.org/10.1038/s41586-025-09519-5 岡本紹介論文二本目 De novo design and evolution of an artificial metathase for cytoplasmic olefin…
Ep 20-2: [Journal] BoltzGen, ProteinHunter, CATNIP, De novo metathase, RF2-PPI

December 23, 2025 · 1 hr 3 min

岡本紹介論文一本目 Connecting chemical and protein sequence space to predict biocatalytic reactions https://doi.org/10.1038/s41586-025-09519-5 岡本紹介論文二本目 De novo design and evolution of an artificial metathase for cytoplasmic olefin…
Ep 19: [Interview] Shunsuke Tagami (RIKEN) “Connecting the dots”

November 15, 2025 · 2 hr 11 min

理化学研究所生命医科学研究センター高機能生体分子開発チーム Design of facilitated dissociation enables timing of cytokine signalling Dr. Adam Broerman Dr. Florian Praetorius エフェクター結合でターゲットを解離させる (koffを上げる)メカニズムはkick outで正しい。エフェクターがinduced-fitすることで…
Ep 18: [Interview] Arisa Uchida (Univ. Tokyo) "Fortune favors the bold."

October 11, 2025 · 1 hr 43 min

IPD Summer Research Program Association for Asian Studies 経済学とコンピュータサイエンス The University of Tokyo, PEAK Dr. Sebastian Ols トロント大学交換留学プログラムバイオメディカルエンジニアリング専攻構造生物学ラボ→Ikura lab, Princess Margaret Cancer Centre ライス大学プログラム女性STEM学生向け1ヶ月プログラム…